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稻作的起源问题，成为近30年来国内外自然科学史学家、农学家研究关注的热点。以往，专家、学者对稻作的起源意见分歧较大，随着近年考古发掘的不断发现，认识逐渐趋于统一。
稻作起源：中国早于印度
科学研究结果表明，栽培稻的祖先种是普通野生稻，普通野生稻的分布是栽培稻起源的物质基础，而考古发掘的史前稻作遗存，则是稻作起源的实物证据。
中国农业科学院农业遗产研究室郭文韬研究员曾指出，要解决水稻的起源问题，必须具备三个基本条件：一是从自然条件上看，发源地必须具备水稻生长的气候和土壤条件，并且有普通野生稻的分布；二是这一地区的考古发现，无论从年代序列上，还是从文化谱系上看都具有连续性；三是这一地区发现的史前稻作遗存，在年代上应是最早的，并且在相近地区有相同类型的遗址不断被发现。
20世纪30年代，前苏联著名遗传学家瓦维洛夫，在肯定了我国是世界上最早、最大的作物起源中心之一的同时，认为水稻起源于印度，中国的水稻是从印度传入的。
日本学者星川清亲也认为水稻栽培起源于印度；另一日本学者加藤将籼稻命名为印度型、粳稻命名为日本型，成为当时国际上流行一时的说法。
到了20世纪70年代，浙江余姚河姆渡新石器遗址出土了大量距今七千年前的稻谷遗存，表明中华民族的祖先早已学会了栽培水稻，对此前有关稻作起源于印度、稻作起源于印度阿萨姆至中国云南的说法是一个很大的冲击。于是，国内外学者不得不改变看法，把目光纷纷投向中国的河姆渡。
被列为1989年中国考古重大发现之一的湖南澧县彭头山早期新石器文化遗址，发掘出土了经文物部门测定为9100±120年的稻谷遗存，又将中国的稻作历史推前了两千多年，比印度当时出土的稻谷遗存早数百年乃至上千年。此外，距今一万多年前的江西万年县仙人洞和吊桶环遗址水稻的植硅石，以及差不多同一时期的湖南道县玉蟾岩遗址出土的栽培稻谷的果实，都是对中国是世界水稻的原产地之一的一个很好的证明。
专家认为，得出上述结论还有一个重要的理由，那就是现今中国从东南的福建、台湾到西南的云南，向北到江西、南到海南都有普通野生稻的分布。中国广泛分布的这种普通野生稻与中国种植的普通栽培稻的亲缘关系很近，同具24条染色体，可杂交和产生可育后代。
由此可见，中国稻作起源应该早于印度。
稻作起源地：趋向多元说
新中国成立50多年来，随着考古工作的深入开展和稻作遗址不断被发掘，国内学者对中国稻作起源地提出了多种不同的学说。
华南说是由已故中国著名农学家丁颖教授提出的。他主要以野稻在华南的广泛分布为依据，并早在1949就提出“中国之稻种来源，与古之南海即今之华南有关”的见解。1957年他在《中国栽培稻种的起源及其演变》一文中，再次提出“根据我国五千年来稻作文化创建过程，并由华南与越泰连接地带的野稻的分布和稻作民族的地理接壤关系，特认定我国的栽培稻种是起源于华南。
另外，比较著名的学说还包括北京大学考古学系严文明教授提出的长江下游说，原山西省平陆县博物馆馆长卫斯等人认为的长江中游说，北京的历史学者李江浙提出的黄淮流域说等等，这里不再详叙。
“珠江上游说”是1997年由广西民族研究所所长、研究员覃乃昌在《壮族稻作农业史》一书中正式提出，他认为珠江上游的壮族地区是我国栽培稻起源地之一。覃乃昌应用民族语言学的研究方法，对古今壮侗语涉及汉语与水稻有关的糇、
、膏等几十个汉字进行了深入的研究后指出，壮语称稻、米、饭为“ ”、“糇”、“膏”，称野生稻为“ ”“ ”，将籼稻称为“
”，称粳稻为“ ”，而这些都属古汉字，如今虽已不用，但据《说文解字》所注，其义音都与新壮语称谓相同。最早出现的 “膏”
，距今至少有7400年。根据语言发生学原理，事物的名称是随着这一事物的出现而出现的，有其物才会有其名。从这一观点出发，认为栽培稻很早就出现在壮侗语民族居住地区。
另外，专家认为，我国新石器时代出现的石磨盘、石磨棒，均与谷物脱粒和脱壳有关，从南宁地区贝丘遗址、桂林甑皮岩、柳州大龙潭等洞穴遗址出土的石斧、石锛、蛙刀、石磨盘、石磨棒等生产工具看，早在距今约一万年前的新石器时代早期，世居珠江上游的西瓯、骆越人的先民就已经开始了稻作农业。
壮族先民：世界最早人工种稻的民族
壮族是中国现存最古老的民族之一。
在我国岭南地区的广西、广东和云南、贵州、湖南部分地区及越南北部，考古发现的大量古猿人遗址及化石，他们的体质形态与现代壮人的基本相同。经考古学家、历史学家多年研究，确认他们是壮族的祖先，而壮族又系古百越群族西瓯、骆越支系的后裔。目前，中国发现有栽培稻物证遗存新石器时代遗址约七八十处，绝大多数分布在江南百越民族生活的地区。
从20世纪70年代，浙江河姆渡新石器遗址发现的至今7000年的稻谷，到1999年，在广东英德市牛栏洞出土了人工栽培的水稻硅质体，经文物部门测定为一万年前稻的遗存，同年，湖南道县玉蟾岩遗址出土的一万年前的栽培稻壳。而早在1963年，广西邕宁、武鸣等地就出土了一万年前的石磨盘、石磨棒等生产加工工具，与以上稻作栽培的时间相联系，说明这些工具，正是加工稻谷的工具。
中国科学院自然科学史研究所陈久金研究员指出：“无论是浙江河姆渡、广东英德、还是湖南道县都是古越人的生存地，他们是目前世界上发现的最早进行人工栽培水稻的人，证明岭南越人是世界上最早栽培稻的民族”。
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